Folding@Homeで難病解明 Part14【FAH】

1 ：名無しさん：2020/08/07(金) 11:00:57 ID:0.net

Folding@homeは、タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。
アルツハイマー、がん、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという複雑な問題を解明しましょう。
現在、新型コロナウイルスに対抗するための解析を重点的に行っています。

■前スレ
Folding@Homeで難病解明 Part13【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1592028195/

■当スレッドのチーム
チーム名　：Team 2ch
チーム番号：162
https://stats.foldingathome.org/team/162

まとめWiki
https://team2ch.net/

■Folding@Home公式
https://foldingathome.org/

197 ：名無しさん：2020/08/19(水) 05:23:32 ID:0.net

>>196
無症状や軽症でも後遺症が出て苦しむ人がいるのが怖いよな

198 ：名無しさん：2020/08/19(水) 06:53:52 ID:0.net

>>197
そうそう、後遺症も楽観視出来ない。
シャレにならんわ。

199 ：名無しさん：2020/08/19(水) 07:54:16.76 0.net

ここ最近暑くて止めてたけどGPUだけでも回しますよ

200 ：名無しさん：2020/08/19(水) 08:53:42.54 0.net

コロナで後遺症と騒いているもののほとんどは廃用症候群
宇宙飛行士が月から帰ってくると筋力が衰えて足腰立たないがそりゃ動悸も息切れも目眩もするっての
2週間も寝たきりしてりゃ10代の子供でもなる
肺炎後の肺の基質的変化もほとんど普通に肺炎と同じに見える
注意喚起は必要だが恐怖を煽りすぎることとは違う

201 ：名無しさん：2020/08/19(水) 11:43:20 ID:0.net

sprint始まってるやん
トップページに進捗ゲージ出てる
現在１５％だった

202 ：名無しさん：2020/08/19(水) 12:16:04 ID:0.net

恐怖を煽ってるわけじゃないが
肺の疾患以外にも、耳鳴りとか
結構いるみたいですよ、毛が抜けたり
ここでは毛の話は御法度でしょうが(笑)
誰が禿てるってってww草なるけど

って、まぁ掛かりたくてなるわけじゃないし
未知の病気だし、血栓とかも出来ちゃうみたいだし。

そーいった意味も含めて早く治療薬が出来る事を切に願ってる。

203 ：名無しさん：2020/08/19(水) 12:18:27 ID:0.net

知らないことについて黙っているのも賢さの一つの形だ

204 ：名無しさん：2020/08/19(水) 12:37:28 ID:0.net

そーね、だまりますわ

205 ：名無しさん：2020/08/19(水) 13:05:21 ID:0.net

血栓=エコノミー症候群ですよ

206 ：名無しさん：2020/08/19(水) 22:55:15.64 0.net

禿じゃない。坊主だ！

207 ：名無しさん：2020/08/20(木) 07:45:00 ID:0.net

おっ、おう。

208 ：名無しさん：2020/08/20(木) 11:57:54 ID:0.net

8/17の極端なピークが何とかスプリント？
俺個人のポイントも通常の2倍以上に跳ね上がってたが
https://i.imgur.com/DHoegcg.png

209 ：名無しさん：2020/08/20(木) 17:42:56.36 0.net

もうしばらくかかるけどやっとチーム100位以内が見えてきた
50Mが目途になるかな

210 ：名無しさん：2020/08/21(金) 00:38:28 ID:0.net

日産順位がじりじり上がってた
上位陣もっと頑張ってください(；´Д｀)

211 ：名無しさん：2020/08/21(金) 08:28:55.28 0.net

@foldingathome:
The sprint is on! Together we have completed over 2000 protein-ligand complex free energy calculations in the @covid_moonshot collaboration Sprint 2 since Sunday. To join Sprint 2 make sure your GPU slot is activated.
Together we are pushing towards a patent-free drug. #Covid_19

212 ：名無しさん：2020/08/21(金) 08:50:08.63 0.net

もうGPU一本に絞っちゃったけどCPUの宿題はやらないでいいのかな

213 ：名無しさん：2020/08/21(金) 08:55:26 ID:0.net

CPUに4スロット割り当ててるが現時点で全てSARS-CoV-2

214 ：名無しさん：2020/08/21(金) 22:23:28.77 0.net

>>212
たとえば、「14800-14828,14830-14899」番台は、
CPU専門プロジェクト
https://stats.foldingathome.org/project?p=14802
（↑てきとう訳：）
プロジェクト番号 14800-14828,14830-14899
解析目標：covid-19 / コロナウイルスプロジェクト

上記採番プロジェクトは、対COVID-19の地球規模の闘いに参加す
る世界中の研究者たちをアシストするFolding@homeの努力の一環
です。(中略) これらのプロジェクトは、COVID-19ウイルスのタン
パク質をシミュレートし、COVID-19ウイルスの活動のしかたと機
能を学ぶためのCPUプロジェクトです。これらのCPUのプロジェク
トは、COVID-19ウイルスの受容体結合ドメインの解析だけでな
く、ウイルスのメインプロテアーゼの解析も行なっている、高優先
度のGPUプロジェクトを補うためのものです。全ての解析目標は阻
害剤のターゲット候補と考えられています。(中略)
下記全てのプロジェクトは、コロナウイルス SARS-CoV-2 メイン
プロテアーゼについての研究と、コロナウイルス SARS-CoV-2の自
己再生産の阻害剤の創薬研究との複合領域です。：(中略)

このプロジェクトは、テンプル大学ヴィンセント・ヴォルツ教授に
よって管理されています。ヴォルツ博士の研究は新しいシミュレー
ション手法を使って、ウイルスの）タンパク質がどのように機能を
発動する折りたたまれた状態へと自己組立するかという謎を解き明
かし、（近似や経験的なパラメータ等を含まない最も根本となる基
本法則である）第一原理からタンパク質とペプチドの折りたたみと
結合の設計を行うことに焦点を当てています。ヴォルツ研究室は、
Folding@homeプロジェクトに参加し、テンプル大学で2つのサー
バーをホスティングしています。ヴォルツ博士は（Folding@home
プロジェクトの生まれた）スタンフォード大学のビジェイ・パンデ
研究室で博士研究員を務めていました。

215 ：名無しさん：2020/08/22(土) 09:08:49 ID:0.net

おお！アクティブユーザー一気に増えてる

216 ：名無しさん：2020/08/22(土) 09:16:12 ID:0.net

今まで休止していた人たちが再び回し始めたってこと

217 ：名無しさん：2020/08/22(土) 15:57:15 ID:0.net

今日は少し涼しい感じだからかな

218 ：110=119：2020/08/22(土) 22:49:59 ID:0.net

またまた雷ｺﾞﾛｺﾞｰﾛだぜぃ。昨日アキバ寄った際に雷サージタップ買っとけばよかった orz
雷過ぎるまでciao!

219 ：名無しさん：2020/08/23(日) 08:08:14 ID:0.net

>>218
これから雷増えるしパソコン運用するなら必須だから早く買っとけ

220 ：名無しさん：2020/08/23(日) 08:37:35 ID:0.net

とある地方ですが、ようやく涼しくなりました
これから本気だします

221 ：名無しさん：2020/08/24(月) 04:21:34.63 0.net

北海道は気温がマイナス行った所があるらしいな
道民のみなさん、そろそろ出番ですよ

222 ：名無しさん：2020/08/24(月) 16:26:51 ID:0.net

もうSprint3？

223 ：名無しさん：2020/08/24(月) 22:09:46 ID:0.net

sprint3は何かおかしい感じだったので、いったんsprint2に戻したらしい

224 ：名無しさん：2020/08/24(月) 22:26:55 ID:0.net

水曜日まで出張なので、あんな熱いもの無人の家に置いておけない
すまんけど、止めました

225 ：名無しさん：2020/08/25(火) 04:25:06 ID:0.net

昨日の昼から206.223.710.146:8080に結果データ送信しようとして失敗するのを繰り返してるのですが
送れないなら破棄する方法はあるのでしょうか

226 ：198：2020/08/25(火) 20:03:39.59 0.net

206は、少し前にもサーバーダウンで、結果を送れなかった。私も、今、二つ送信待ちの状況。前の時は放置していたら、いつの間にか無くなっていた。カウントしてくれたかは不明。

227 ：226：2020/08/25(火) 20:49:22 ID:0.net

あれ、198ではないです。

228 ：名無しさん：2020/08/25(火) 21:39:52.71 0.net

>>226
ありがとうございます
放っておくしかなさそうですね

229 ：名無しさん：2020/08/25(火) 22:17:00.78 0.net

17日にどかんとポイントとWU増えたのってそのせい？

230 ：名無しさん：2020/08/26(水) 03:57:32 ID:0.net

>>225
俺と同じだな。そのWork Server落ちてるっぽいんだよな
いつか復活するかもしれないから放置してるから

231 ：名無しさん：2020/08/26(水) 21:12:11 ID:0.net

サブのノーパソ（解析未参加）が突然壊れた
問題解決までの間、しばらく止めとくわ。同時に２台ﾀﾋぬとどうにもならんし

俺の屍（と順位）を越えてゆけ！

232 ：名無しさん：2020/08/26(水) 22:30:15 ID:0.net

出張から帰ってきますた
さっそく解析復帰します

233 ：名無しさん：2020/08/26(水) 23:19:14 ID:0.net

ただいま

234 ：名無しさん：2020/08/26(水) 23:37:22 ID:0.net

やばい抜かれる

235 ：名無しさん：2020/08/27(木) 06:02:33 ID:0.net

>>232
おかえろー。

236 ：名無しさん：2020/08/27(木) 20:32:12 ID:0.net

今夜はこっちはゲリラ豪雨だった。
あんま暑くならないといーなー

237 ：名無しさん：2020/08/28(金) 01:13:24.91 0.net

Sandy爺なワシじゃが、フル稼働してやっと500位以内じゃ。
1週間で5ランクアップがやっとじゃな(´Д｀)
新しい省電力なビデオカードが欲しいのぅ。
電源が200wなのでロースペックなビデオカードしか使えないんじゃ(´･ω･`)

238 ：名無しさん：2020/08/28(金) 03:24:01.21 0.net

北海道は日曜日ヤバいな。
回す前に風邪ひきそう、

239 ：名無しさん：2020/08/28(金) 03:25:16.06 0.net

>>237
いまグラボ何使ってる？
選択肢は1650しかないぞ。

240 ：名無しさん：2020/08/28(金) 19:23:10.96 0.net

RTX30XX導入が楽しみ！どこまで上乗せできるかな。

241 ：名無しさん：2020/08/28(金) 19:43:43.36 0.net

RTX3xxxが楽しみだ
1070や1080の中古価格の値下げが待ち遠しい

242 ：名無しさん：2020/08/28(金) 21:13:51.54 0.net

あんなデカいのしか無いなら恐ろしくて使えないと思うけど、GeForce4Ti4200とかの頃から考えたら今でも十分に頭おかしいサイズだから慣れるのかな

243 ：名無しさん：2020/08/28(金) 21:53:10 ID:0.net

2060superでもPPD100万超えるからね
GTX960の24時間分を4~5時間で稼ぐ
消費電力はそんなに変わらないから効率が悪すぎる

244 ：名無しさん：2020/08/28(金) 22:19:13 ID:0.net

3000番台はTSMC7nmの枠確保出来ずにサムスンの8nm(笑)になったから、ゴミがほぼ確定なんだよな

245 ：名無しさん：2020/08/29(土) 00:12:58.94 0.net

>>238
俺北海道なんだよ。日曜は回すぜ。

246 ：名無しさん：2020/08/29(土) 06:57:06 ID:0.net

>>244
ほんと韓国製とか勘弁してほしいよな・・・
クアルコムのSocじゃないんだからさぁ
そんなクアルコムはサムソン切って次からはTSMC5nmで製造だそうだ
逆を行くNVIDIAカッコイイｗ

247 ：名無しさん：2020/08/29(土) 08:00:51.59 0.net

>>244
えっ、まじなの？

248 ：名無しさん：2020/08/29(土) 08:02:02.58 0.net

>>245
やきそば弁当のデカいやつ食って頑張れ！
東京の日曜日は35度予報でヤバい。

249 ：名無しさん：2020/08/29(土) 09:31:53 ID:0.net

GPUはビッグダイにしてシリコンのコストを度外視すれば性能自体はいくらでも出せるから8nmであること自体は問題ない
クロック落とせば消費電力もいくらでも落とせる
AI需要で高価になってもいけるんだろう

新しい80Tiとか50マソくらいすんじゃね…

250 ：名無しさん：2020/08/29(土) 09:44:10.22 0.net

RDNA2に買い換える予定はある

251 ：名無しさん：2020/08/29(土) 10:36:58.04 0.net

>>244
しかも補助電源が12ピンという電力食いらしい

252 ：名無しさん：2020/08/29(土) 11:14:52.08 0.net

8x3だとケーブルだらけになるから12x2にするのかな

253 ：名無しさん：2020/08/29(土) 14:24:45.81 0.net

ところでRTX3xxxはPCIE4.0ででますよね？
FAHは帯域PCIE3.0*4くらいでいいらしいけど、複数枚載せるとなるとだとやっぱ気持ち悪いよね。4.0を3.0*4で使うの。

254 ：名無しさん：2020/08/30(日) 17:58:51 ID:0.net

3000系は4.0にはならないんじゃなかったっけ

255 ：名無しさん：2020/08/31(月) 13:02:22 ID:0.net

Atholn200GEからRyzen4650Gに換装
消費電力2倍でppd30倍になって草

256 ：名無しさん：2020/08/31(月) 16:35:05 ID:0.net

3000系はPCIE4.0ですね、確か。明日になればはっきりするが。
>255オメ！マザーはB450?

257 ：名無しさん：2020/08/31(月) 20:05:12 ID:0.net

>>256
deskminiA300にbios3.60R
普段使いにはAthlonで不満はなかったんだがつい

258 ：名無しさん：2020/08/31(月) 22:41:26 ID:0.net

涼しくなってきたんで980M搭載ノートを今日から
稼働させまた参加します。

259 ：名無しさん：2020/08/31(月) 23:06:23 ID:0.net

オカエリナサト

260 ：名無しさん：2020/09/01(火) 00:01:55 ID:0.net

>>259
ガンバスター乙

261 ：名無しさん：2020/09/01(火) 22:57:54.90 0.net

今日みたいな日が増えてくれば回しやすいねー

262 ：名無しさん：2020/09/02(水) 01:42:06 ID:0.net

GeForce RTX 3090で1499ドルとか、買おうかな

263 ：名無しさん：2020/09/02(水) 03:10:10 ID:0.net

rtx3080がrtx2080の倍の能力らしいが
folding@home のppdも倍になるかな？　
教えて偉いひと！

264 ：名無しさん：2020/09/02(水) 03:38:10 ID:0.net

ボーナスがあるから計算時間が半分になったとするとPPDは2倍を軽く超えるんじゃないかな
あと、RTX2080(Ti無し)→RTX3080だと性能は3倍近く違うんではないかと
(ブーストクロックはほぼ同じだけどCUDAコアだけでも3倍近く多い)

イベントの最初にF@Hの話題が出てたね、自分はRTX3080狙いで行く予定

265 ：名無しさん：2020/09/02(水) 05:46:37 ID:0.net

NVIDIA公式サイトの日本での価格貼っとくで

RTX 3090：1499ドル＝23万円
RTX 3080：699ドル ＝11万円
RTX 3070：499ドル＝8万円

266 ：名無しさん：2020/09/02(水) 08:16:44 ID:0.net

>>265
為替やばいな

267 ：名無しさん：2020/09/02(水) 08:18:16 ID:0.net

rtコアもテンサーコアも関係ないから
cudaのコア数とクロックの分だけ計算能力upだな

268 ：名無しさん：2020/09/02(水) 08:58:57.60 0.net

そんなことより計算量減ってるぞ
お前らもっと稼働させるんだ

269 ：名無しさん：2020/09/02(水) 09:21:09 ID:0.net

どれ選んでも2080Ti超えって事でいいんだよね？
https://i.imgur.com/r6p6Hgh.png

270 ：名無しさん：2020/09/02(水) 11:18:04.67 0.net

3070位なら買えそう…

271 ：名無しさん：2020/09/02(水) 11:48:47 ID:0.net

>>265
米尼で買えってことか(´・ω・｀)

272 ：名無しさん：2020/09/02(水) 12:21:39 ID:0.net

>>271
テンバイヤーが買い占めるから?

273 ：名無しさん：2020/09/02(水) 12:43:24.19 0.net

106円と160円を打ち間違いしちゃたんだよ
本当もーおっちょこちょいだなーw

274 ：名無しさん：2020/09/02(水) 16:09:22 ID:0.net

>>272
発売直後は無理だろうけど、1〜3ヶ月待ってNowInStockとかで
監視すれば買えると思うよ。

275 ：名無しさん：2020/09/02(水) 16:29:49 ID:0.net

後発のRadeonの方が優秀でぼったくり代理店と転売厨もろとも焼け野原にならねーかなと期待してる

276 ：名無しさん：2020/09/02(水) 16:38:31.70 0.net

radeonもそろそろ頑張ってよ…

277 ：名無しさん：2020/09/02(水) 16:57:55.21 0.net

PCIe4.0対応のようだな。
マザボごと交換だわ。

278 ：名無しさん：2020/09/02(水) 18:38:26.28 0.net

日産３万で細々と夏を過ごしました

279 ：名無しさん：2020/09/02(水) 21:10:59.70 0.net

Active User 416か(´･ω･`)

280 ：名無しさん：2020/09/02(水) 21:13:08.80 0.net

ワシは電気代が怖いので100w以下のビデオカードが欲しいのぅ。

281 ：名無しさん：2020/09/02(水) 21:13:35.59 0.net

なんか進捗状況のパーセントが増えたり減ったりしてるな

282 ：名無しさん：2020/09/02(水) 23:38:05 ID:0.net

NCS2対応してくれると良いのにね

283 ：名無しさん：2020/09/03(木) 13:49:05 ID:0.net

nVが爆熱巨大化で無理してるとこをみるとできがいいんじゃないかなあ〜RDNA2

284 ：名無しさん：2020/09/04(金) 14:53:48.67 0.net

nVidiaとかとタイアップして獲得ポイントに応じてグラボの割引クーポン券でもくれればもう少しモチベーションも上がるんだけどね

285 ：名無しさん：2020/09/04(金) 15:49:06 ID:0.net

FAHのやりすぎかファンの調子が悪くなってしまった…

286 ：名無しさん：2020/09/04(金) 17:28:15 ID:0.net

>>284
これな、各メーカーは、微々たるもんでもいいから
ポイントとかで割引してくれたら
もっとユーザー増えるとおもうね

287 ：名無しさん：2020/09/05(土) 01:41:50 ID:0.net

>>285
ファン交換しときー。

288 ：名無しさん：2020/09/05(土) 12:45:39 ID:0.net

>>284
自分も実感が得られくて、そんな時、次の本を読んでやる気を取り戻したよ。

最初の本は、薬物が体内でどう作用して病気に戦えるのか、その仕組みが
カラー図表で素人にもわかりやすく書かれてる。分子と分子が合体することが薬として作用
することが理解できると、F@hの研究者たちが今何をしようとしているのか、
自分なりに理解できるようになった。(ただし分子シミュレーションのような手法の言及はなし)

分子レベルで見た薬の働き　なぜ効くのか？　どのように病気を治すのか？ (1870円)
https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000337896

次の本は、もっと幅が広くて、研究者が試行錯誤して薬剤候補を見つけてから、
効果を高めるチューニングを要すことや、副作用の問題など、
薬として市販されるまでにはさらに行程が必要で、薬として世の中に出るのが
容易じゃないことが分かった。日本人がこの分野で貢献してる。

世界を救った日本の薬 (1188円)
https://bookclub.kodansha.co.jp/title?code=1000031038

いま各国でやってるCOVID-19ワクチンの治験はむちゃくちゃ速いスピードで進んでるし、
さらに感染後の治療薬も出てくると思う。それを信じてPCを回し続けてゆきたいなと。

289 ：名無しさん：2020/09/05(土) 15:57:54 ID:0.net

COVID-19にワクチン有効かどうかさえまだわかんない
それでもワクチンもどきでもいいから、大手製薬会社の出すものと
同じ効果の何かが"特許フリー"でできるのは良いことだという気がする
というわけで長い目でFAHやってる

290 ：名無しさん：2020/09/05(土) 17:31:42.74 0.net

ワクチンが予想される通り3ヶ月しかもたなくても
ロックダウン+ワクチンで一時的な殲滅はできると言う選択肢は生まれる

が、やったら今度こそ経済が死ぬな

291 ：名無しさん：2020/09/06(日) 07:28:54 ID:0.net

3070でも20.31 TFLOPSなんだよなー
これは買うしかあるまい・・・と思ったが
先立つものがないｗｗｗ

292 ：名無しさん：2020/09/06(日) 12:58:01.44 0.net

sprint3が終わったぽい？

293 ：名無しさん：2020/09/06(日) 13:07:26.18 0.net

今日の未明に100パーなったね

294 ：名無しさん：2020/09/08(火) 22:04:08.20 0.net

やっと秋の気配が出てきたが
アクティブ400人割れて飽きが来たのかね

295 ：名無しさん：2020/09/08(火) 22:07:35.65 0.net

3月からぶん回しているけど
電気代が15000くらいかかっている
早く涼しくならないかな

296 ：名無しさん：2020/09/08(火) 22:24:19.80 0.net

同じく３月からずーっと同じ環境で回してるけれど、ここ２週間ほどで１０も順位が上がった。
てめーら腑抜けてんじゃねーぞコラ

・・・と煽ってみる。