Folding@Homeで難病解明 Part18【FAH】

1 ：名無しさん：2023/02/10(金) 05:17:58.78 0.net

Folding@homeは、タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。
アルツハイマー、がん、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという複雑な問題を解明しましょう。
現在、新型コロナウイルスに対抗するための解析を重点的に行っています。

■前スレ
Folding@Homeで難病解明 Part17【FAH】
https://medaka.2ch.net/test/read.cgi/pc/1633043818/
Folding@Homeで難病解明 Part16【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1613357806/
Folding@Homeで難病解明 Part15【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1604733903/

■当スレッドのチーム
チーム名　：Team 2ch
チーム番号：162
https://stats.foldingathome.org/team/162

まとめWiki
https://team2ch.net/

■Folding@Home公式
https://foldingathome.org/

2 ：名無しさん：2023/02/10(金) 05:18:24.17 0.net

■Folding@Homeの参加方法
1. アプリのダウンロード＆インストール
https://foldingathome.org/start-folding/
OSは、Windows(32bit, 64bit)、Mac(macOS 10.7以降)、Linux(64bit, rpm or deb)に対応。
2. ユーザ登録
https://apps.foldingathome.org/getpasskey
名前とEmailアドレスを登録して、Passkeyを入手する。
・ユーザ登録は必須ではなく、匿名ユーザとして貢献できるが、獲得ポイントは下がる。
名前は https://stats.foldingathome.org/donors で検索して重複しないことを確認。
・名前で使える文字は、英文字、数字、下線(_)である。特に「＃^?|」は不適。日本語も避ける。
3. アプリを開始して名前・チーム番号・Passkeyを登録
チーム番号に162と入力するとチーム2chのメンバーに入れる。

3 ：名無しさん：2023/02/10(金) 05:18:35.76 0.net

■関連スレ
【Team 2ch】分散コンピューティング総合325【UD→BOINC】
http://kizuna.2ch.net/test/read.cgi/entrance/1644915362/

【BOINC】自作機パワーでがん解析Ver.82【旧UD】
http://egg.2ch.net/test/read.cgi/jisaku/1656313070/

【Team 2ch】 Folding@Homeで新型コロナを解析 【F@H】(DAT落ち)
http://krsw.2ch.net/test/read.cgi/covid19/1585664719/

【1ボードPC】分散コンピューティング 3【コロナ】
http://mao.2ch.net/test/read.cgi/linux/1618337954/

4 ：名無しさん：2023/02/10(金) 05:18:57.03 0.net

■TIPS
Q. タスクが落ちてこない
A. passkey登録する 一時停止→開始ボタン

Q. GPUが仕事しない、計算ミスる
A. クロック電圧は余裕をもった設定で

Q. CPU使用率が上がらない
A. 現時点の利用可能論理コア数は32コアです

☆高速CPU/GPUを使っていたら Next Unit Percentageの設定をしておくと良さそう
Advanced Control > Configure > Slots > (Slotを選択) > Edit > Addボタン
name に 「next-unit-percentage」、Valueに90から100の数字を入れる
デフォルトが99で、WUの処理が99%まで進んだら次のWUのダウンロードが始まるという設定。
95とかにすれば、WUの処理が終わったのに次のWUが落ちてきてない、ということを抑制できるはず。

☆標準では1つの課題にCPUの全スレッド-1（Fullの場合）を適宜割り当てて対応するようになっているが
configure→slots→Addを押して出る「CPUs」の所の数値「-1（自動割り当て）」を「1」や「2」にしてOKを押すと
CPUスレッド使用数を限定して課題を処理できる。
同時に、現在はこのスロット数を増やしている方が課題が落ちてきやすい。
（GPU側は詳しい人以外はそのままで）

☆リモートの方法
1、サブPCのAdvanced Control > Configure > Remote Access でPasswordを決める
2、IP Address Restriction に 127.0.0.1 （メインPCのIPv4アドレス）/24を入力（例：https://imgur.com/40YNkiO）
3、メインPCに戻り、Advanced Control > Clients > Add > Address > HostnameにサブPCにのIPv4アドレスを入力
4、アプリ再起動

☆コマンドラインで、FAHClient.exe --helpを実行するとオプションを閲覧できます。

5 ：名無しさん：2023/02/10(金) 05:19:22.56 0.net

■Folding@Home公式
・トップ
https://foldingathome.org/
・フォーラム
https://foldingforum.org/index.php
・FAQ
https://foldingathome.org/support/faq/
・ダウンロード/ベータ版
https://test.foldingathome.org/beta/

■ランキング
・全チームランキング
https://stats.foldingathome.org/teams
・Team 2chメンバーランキング
https://apps.foldingathome.org/teamstats/team162.html
・EOC Folding@Home Stats
https://folding.extremeoverclocking.com/
・各GPUの1日獲得ポイント表 GPU PPD Database
https://www.overclock.net/forum/55-overclock-net-folding-home-team/475163-gpu-projects-ppd-database.html
・外部の統計サイト
https://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&;t=162

・Windows版でオプションの入力が何故か半角カナになってしまうときは、マウス右クリックのペーストを使うか、変換入力状態にしてF10で英数に変換する
・WUのDL/ULが失敗し続けて待ち時間が数十分とか数時間とかになっているのに気づいたら、いったんPauseしてFoldし直すと待ち時間をリセットできる
・とはいっても、サーバー側でWUが枯渇したり受け取り口がパンクしていると思われるので、基本的に気長に待つ
・Advanced ControlのFolding Slotsの各スロットを右クリックすれば、スロット単位でFold/Pause/Finishができる

6 ：名無しさん：2023/02/10(金) 14:17:09.72 0.net

スレ立ておつでーす

7 ：名無しさん：2023/02/11(土) 06:13:55.05 0.net

前スレから有用そうな情報源をまとめた (重複ご容赦)

■Folding@Home公式
・Twitter
https://twitter.com/foldingathome/
・ニュース
https://foldingathome.org/news/
・疾患
https://foldingathome.org/diseases/

■FAHの成果
・論文
https://foldingathome.org/papers-results/

・COVID-19 Moonshotプロジェクトの成果
http://medaka.2ch.net/test/read.cgi/pc/1633043818/995-997

■プロジェクト
・原子数, タイムアウト日数, デッドライン日数, ベースクレジット, コア種類
https://apps.foldingathome.org/psummary

・疾患, 研究施設, コア種類,ベースクレジット
https://folding.lar.systems/projects/
(deleted an unsolicited ad)

8 ：名無しさん：2023/02/11(土) 06:14:17.72 0.net

■プロジェクト稼働状況
https://apps.foldingathome.org/
-ステイタス: サーバ, WU
-パスキー: 生成と再取得

■ユーザー WU提出状況 (直近90日間)
https://apps.foldingathome.org/cpu
-User欄にユーザ名を入力し、[Search]ボタンをクリックする
-CPUid, IPアドレス, Team, CPU種類, OS種類, 最終提出日時やプロジェクト

■Team 2ch 活動状況
https://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=162
https://stats.foldingathome.org/team/162
-メンバー, 獲得ポイント, WU数

■CPU/GPU パフォーマンス統計
・CPU FOLDING@HOME PPD RANK DATABASE
https://folding.lar.systems/cpu_ppd/overall_ranks

・GPU FOLDING@HOME PPD RANK DATABASE
https://folding.lar.systems/gpu_ppd/overall_ranks

9 ：名無しさん：2023/02/11(土) 06:14:56.98 0.net

■読み物
2021年の振り返りと、2022年の新年のご挨拶　2022/01/03
http://medaka.2ch.net/test/read.cgi/pc/1633043818/176-179
・グレッグ・ボウマン先生による昨年の振り返り (翻訳)

F@Hにおける高効率のための運用方法　2021/02/22
https://greenfoldingathome.com/tag/efficiency/
・消費電力と科学的成果を最大化する調査結果 (Ryzen 9 3950X)
https://greenfoldingathome.files.wordpress.com/2021/02/ryzen_3950x_performance_smt_on_cpb_on.jpg
・一番効率いいのは13スレッドらしい

AlphaFoldの潜在能力を最大限引き出すには (Natureダイジェスト)
https://www.natureasia.com/ja-jp/ndigest/v19/n11
・AIを使ってタンパク質構造予測をするAlphaFoldの記事

10 ：名無しさん：2023/02/11(土) 07:56:49.41 0.net

ツイッタにFAHに関連する最新の論文が示されていたので簡単に紹介。

アルツハイマー病の危険因子であるタンパク質ApoEの構造解析にFAHが使われた。
この研究結果は、ApoEがプラークの沈着や神経原線維の形成に与える影響を研究する基盤になるだろう。
掲載されたPNASは有名な雑誌。

https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2215371120
Apolipoprotein E4 has extensive conformational heterogeneity in lipid-free and lipid-bound forms (アポリポタンパク質E4は、脂質を含まない状態と脂質が結合した状態で広範な立体構造的の不均一性を持つ)

大ざっぱな内容

アルツハイマー病の最も強力な遺伝的危険因子ポリポタンパク質E(ApoE)の生化学的特性と疾患におけるその役割の関係は、利用可能な構造情報が限られているために捉えられなかった。本論文では、病原性アポリポタンパク質ApoEの全長について、脂質の存在下および非存在下での単量体の特徴を明らかにした。本研究では、1分子分光法と分子動力学シミュレーションを組み合わせて、ApoE4単量体の原子レベルの詳細なモデルを構築し、脂質結合の影響を調べた。この手法により、単量体のみが存在するピコモル濃度での研究が可能になり、これまでの限界を克服した。脂質結合の影響を調べるため、FASTアルゴリズム(GROMACS)とFolding@homeシミュレーション(OpenMM)の分子シミュレーションを組み合わせて、ApoE4単量体の原子レベルの詳細なモデルを構築した。

11 ：名無しさん：2023/02/13(月) 04:37:54.04 0.net

Team 2ch - Members List Rankings
https://folding.extremeoverclocking.com/user_list.php?s=&t=162&p=1

12 ：名無しさん：2023/02/13(月) 13:22:46.57 ID:0.net

>>1乙
4000番代導入してみたけどやっぱりめっちゃ速いな
なお自宅ゲームは3060…

13 ：名無しさん：2023/02/14(火) 13:44:27.47 0.net

しっかり10年sandyおじさんをやってた自分的には
3070で10年やっていけそうな手応えを感じている

14 ：名無しさん：2023/02/16(木) 17:54:38.64 0.net

TDP65WのRyzen 9 7900のワッパがめちゃくちゃ高いみたい。
省エネハイパフォーマンスのCPUとしてF@H回すなら最良の選択肢の1つだと思う。

この記事の下の方にあるCLUB386 EFFICIENCY RATINGがワッパだが、
次点がZen4でもRaptorLakeでもAlderLakeでもなくZen3のRyzen9 5950Xというのも驚き。
https://www.club386.com/amd-ryzen-9-7900-review-big-on-performance-miserly-on-power/

15 ：名無しさん：2023/02/17(金) 14:34:18.00 0.net

4070tiパワーリミット45%に設定しても
PPD/日600-1000万出るかなcancerだけは重くて性能は出にくい
が409040804070順番通りでしっかり
性能差は出てるからどれ選んでもいいと思う
消費電力はPL掛けてGPU単体で120から130wくらい…
今ある2枚売って一枚4000シリーズに変えるだけで随分時間も電気も負担が減るわ
ただGPUのレールパワーって項目は3000番代でみたことない
400W近いのをPL無しだと出てたりするので下位モデルでも規定通りに750Wは積んでないと不安かも
PL掛けてれば最大で150wとかに落ち着くけど起動時はわからんしなぁ

16 ：名無しさん：2023/02/20(月) 09:23:44.30 0.net

RTX系よく使う人多いけどTeslaとかで回してる人いないのかな？

17 ：名無しさん：2023/02/20(月) 15:31:19.02 0.net

久々にCPUでもと思ったら
ｽﾘｯﾊﾟなのに1日半の固いのがｷﾀ
まじか(￣｡￣;)

18 ：名無しさん：2023/02/21(火) 22:51:37.21 0.net

性能抑えて回してたら7日級が来た
フルパワーでも間に合わないや

19 ：名無しさん：2023/02/23(木) 01:54:19.24 0.net

BCが120000とか頭おかしい
＠CANCER Project 18717

20 ：名無しさん：2023/02/24(金) 21:16:25.04 0.net

12万のやってる時はだいぶPPD予想値が落ちるね

21 ：名無しさん：2023/02/26(日) 06:56:49.52 ID:0.net

v8クライアントのベータが出ましたね
アプリとしてのAdvanced Clientは無くなった模様
https://foldingathome.org/beta/?lng=en

あくまでベータ版なので、試す場合はお気を付けを

22 ：名無しさん：2023/02/26(日) 08:00:21.61 ID:0.net

>>21
情報ありがとう。スロットの概念がなくなって、FAHプロジェクト側がCPUやGPUをジョブに応じて割り当てられるというのは大きな変化だね。

23 ：名無しさん：2023/02/26(日) 15:09:06.18 ID:0.net

ベータ版で計算効率というかPPDがどう変わるか気になる
試した人はぜひ聞かせて

24 ：名無しさん：2023/02/26(日) 18:36:23.04 ID:0.net

PPDは表示されないね
一個ずつ止めたりできんしwebコントロールは好かんので戻そ

25 ：名無しさん：2023/02/26(日) 19:23:29.55 ID:0.net

>>24
サンクス。自分は試してないけど、とりあえず調べた結果を簡単に書く。

公式フォーラムにもPPDが見づらいというスレが立っていた。
それによると『グラフィックビューを表示』すると見えるそう。

PPD was hard to find
https://foldingforum.org/viewtopic.php?t=39047

PPDの表示については開発者に改善要望が送られてるけどまだオープンのままだった。

Show PPD & TPF on WU line
https://github.com/FoldingAtHome/fah-web-client-bastet/issues/55

他に、『HFM.NET』というWindowsアプリも述べられていた。配布元と思われる
Githubサイトのリリースノートにv8クライアントへの対応は記載されてなかったので何とも。

HFM.NET - Client Monitoring Application for the Folding@Home Distributed Computing Project
https://github.com/harlam357/hfm-net

26 ：名無しさん：2023/03/07(火) 01:06:31.15 0.net

>>20
こればっかり落ちてきて全然進まなくなったなー
まあ別に良いんだけど

27 ：名無しさん：2023/03/07(火) 11:45:08.28 0.net

>>26
俺もそればっかり落ちてくるようになったからF@Hをとめたわ
どっかの企業らしいが自前でやれっていう

28 ：名無しさん：2023/03/09(木) 17:54:58.31 0.net

ぜんぜん気づかなかったが、企業の仕事がF@Hで行われてるの?

29 ：名無しさん：2023/03/09(木) 19:03:21.75 0.net

新型コロナのワクチンでもF@Hを使ったシミュレーション結果は多分使われてるだろうな
新薬開発って膨大な時間と資金が必要だと思うし
大流行してからあんな短期間でワクチンなんて普通は作れないだろ

30 ：名無しさん：2023/03/10(金) 06:46:39.16 0.net

でもmRNAは、どうなのよ？
陰謀説とかあるけど、まぁ真相は闇やね
全然関係ないけど、AMDのｸﾞﾗﾎﾞのコアの？呼び名？
みたいなワクチン名だよなw

もう、いきなり暖かくなり、そろそろ
電気代もたけーし、また秋頃の涼しくなったころまで、止めるかな。

31 ：名無しさん：2023/03/10(金) 17:56:10.13 0.net

モデルナやファイザーのmRNAワクチンは、ウイルスの現物から解析されたスパイクタンパク質をもとに作られた。
だから素早く薬剤として供給することができたし、分子シミュレーションの成果は直接に結びついていないと思う。

みんな関心のある、ボランティアベースの分子シミュレーションでゼロから設計されたワクチンは、
Rosetta@homeの成果がワシントン大学からライセンスされて作られたSKYCovioneが昨年承認されたし、
Folding@homeが関与したMoonshotプロジェクトの成果が第三相臨床試験にはいったと2カ月くらい前に書かれていた。

でも、新型コロナの経験で新しい創薬プロセスが大きく進んだのは間違いないと思う。

32 ：名無しさん：2023/03/10(金) 21:16:44.15 0.net

GPUアーキテクチャ名に似てるんじゃなくて、AMDがRNAにひっかけただけだよ

33 ：名無しさん：2023/03/11(土) 17:43:32.57 0.net

16705 no infoみたいなのずっと解いてるけど
何やってんのかな
なんか大丈夫なのかなぁ心配になってきた

34 ：名無しさん：2023/03/11(土) 21:50:39.75 0.net

https://stats.foldingathome.org/project/16700

https://apps.foldingathome.org/psummary

35 ：名無しさん：2023/03/11(土) 21:51:59.59 0.net

フォーラム見ると書いてある
https://foldingforum.org/viewtopic.php?t=39246

36 ：名無しさん：2023/03/12(日) 18:02:38.06 0.net

apple siliconには結局対応しないのかね

37 ：名無しさん：2023/03/13(月) 06:11:23.55 0.net

>>36
一応、次バージョンのクライアント(>>21)だとIntel or Apple Siliconとなってるね

あと、v8のベータ版はわりと頻繁にリリースしてる模様
https://github.com/FoldingAtHome/fah-client-bastet/blob/master/CHANGELOG.md
(変更歴の方はgitにしか無いのも記載されてる)

38 ：名無しさん：2023/03/15(水) 08:36:52.78 0.net

>>37
気長に待ちます

39 ：名無しさん：2023/03/19(日) 06:32:56.16 0.net

電力料金がこれまでより高くなったこともあって、FAHを止めるか悩んだ。
うちは東電の管轄下だが、「くらしTEPCOweb」という電力サービスで調べてみた。
グレーの電力量計が30分毎に実績を送信しているようで、30分毎にどれだけ電力を消費してるかや、1日あたりの電気料金が翌日に調べられる。

昨日の実績を見ると、寝てる時間帯や不在時の電力は一定で、帰宅して暖房を入れたら跳ね上がったりと、体感とも一致してる。
気になったのは全体の1/3を占めているベースの部分で、常に約100Wの消費があって、うち50WはFAHを実行してるノートPCやラズパイで説明できるが、残り50Wは不明。これだけで月あたり1000円かかるから、特定して電気代を減らせるかもしれない。
内訳を知ることで、冷蔵庫・暖房・照明を何とかしたいな、といった気づきを得られた。FAHは1000円/月のうちは続けるよ。

40 ：名無しさん：2023/03/19(日) 10:04:16.83 0.net

カウント前後の一時間ぐらい冷蔵庫のコンセント抜いてみて
その後さしてみて比較するとか

41 ：名無しさん：2023/03/20(月) 23:01:29.88 0.net

久々にコロナのWUきたな

42 ：名無しさん：2023/03/21(火) 17:33:48.23 0.net

>>39
コンセント挿して電源入るの待機してる機材の
積み重ねなんじゃね？台あたり0.5Wから多いもので
5Wくらいかかってるんじゃなかったっけ

43 ：名無しさん：2023/03/28(火) 12:58:50.46 0.net

パケ詰まりに対応して欲しい
寝ているときにアップを始めても回線切断を繰り返して
なぜかダウンもされないので電気の無駄になる
ルーターの再起動をして多少まともになったかと思ったが
結局ダメだった(ログなどを見たら数10MBの通信で詰まったようだ)
Dの安SIMと国内メーカーのルーターの組み合わせ
ADSLのときは起きなかった現象(雨や雷がおさまるのを待っていた)

44 ：名無しさん：2023/03/28(火) 13:04:11.72 0.net

>>43
>Dの安SIMと国内メーカーのルーターの組み合わせ

対応しないといけないのはお前の環境の方じゃ？

45 ：名無しさん：2023/03/28(火) 13:18:13.25 0.net

そういうのいらないですよ
なんの解決にもならないのは
このスレは次回ﾜｯﾁｮｲありの方がいいね

46 ：名無しさん：2023/03/28(火) 13:28:10.63 0.net

ADSLの時は起きなかったって自分で言ってるじゃん。

>Dの安SIMと国内メーカーのルーターの組み合わせ

これが原因なのは明らかでしょ。
自分を含め他のほとんどの人の環境ではパケ詰まりなんて起きて無いし。

あなたの環境を変えるという解決策を提示してもらっても実行せず、指摘してくれた相手を邪魔者と決めつけ、
F@H側に原因があるとするあなたこそ、ワッチョイ付いたらあぼーんされる側だよ。

47 ：名無しさん：2023/03/28(火) 13:35:43.51 0.net

パケ詰まり(止まり)はキャリアも認識しているし
でも今さらリジュームにすら対応していないサーバはどうかと思うわ。
一番バカなのは人の環境を変えろって暴言だわな。

48 ：名無しさん：2023/08/06(日) 14:26:56.98 ID:l3kYG9b8D

ヒ゛ックモ─夕−を非難するのが犯罪者だけという滑稽な事態になってるな、樹木を枯れさせたとか．麻薬賭博暴力贈収賄税金泥棒バカひき逃げ
差別主義猥褻セクハラＪｋレイプ地球破壞犯罪者の代名詞スポ−ツという犯罪推進のために明治神宮外苑のЗ千本もの巨木を伐採するデ夕ラメ
小池百合子や、力による一方的な現状変更によってクソ航空機倍増させて都心まで数珠つなぎて゛鉄道の３〇倍以上もの莫大な温室効果カ゛スまき
散らして氣候変動させて海水温上昇させてかつてない量の水蒸氣を日本列島に供給させて土砂崩れ，洪水．暴風．突風、猛暑にと災害連發させ
てる世界最惡殺人テ口組織公明党天下り犯罪集団國土破壞省斎藤鉄夫が何寝言ほざいてんだか，日本に原爆落とした世界最惡のならず者国家や
欧州なんて森林火災に氣温４○度超え連發，曰本列島も４Ｏ度超え連発させて國民をさらに殺す気滿々のテロ政府を放置するのは自殺と同義な
渋滞で環境破壞しまくり清瀬市のように歩道の樹木とか税金無駄にするだけて゛クソの意味もない，そこを自転車レ−ンにするのが環境対策た゛ろ
フランスとか車道を―方通行にして自転車レ一ン作ってるくらいた゛わ．このテ口政府をふ゛っ潰さないとお前らの生命と財産は奪われる━方だそ゛

創価学会員は．何百萬人も殺傷して損害を与えて私腹を肥やし続けて逮捕者まて゛出てる世界最惡の殺人腐敗組織公明党を
池田センセ─か゛口をきけて容認するとか本気て゛思ってるとしたら侮辱にもほと゛か゛あるぞ！
ｈｔΤРｓ：／／ｉ、ｉｍｇｕｒ，сοｍ／hnli1ga.jpeg

49 ：名無しさん：2023/12/27(水) 19:20:08.56 ID:Z/0PoLHDr

化石賞4連続受賞からも分かるように自民公明は騒音や地球破壞など含め國内外の人権侵害において最悪の記録を残している
日本の住民は静穏環境や気候変動による災害回避の権利を行使することができず日本政府は国民の基本的なニ−ズを無視し続けている
クソポリ公ク゛ルグル威力業務妨害マッチポンプ犯罪惹起騒音ヘリを含むすべての人権侵害をなくすよう自民公明に対し
国際法上の義務を守りすべての人権侵害をなくすため直ちに措置を講し゛るよう求めることこそが世界人権宣言
テロリストの巣窟クソ羽田クソ成田ともに憲法13条25条29条すら公然と無視して海に囲まれた日本全國私利私欲のために静穏な住宅地を
狙ってクソ航空機を飛ばしまくって住民の生命と財産を破壞し続けている現実に対して正当防衛権を行使するのは人としての権利である
鈍感なやつは神経を蝕んでいるのがクソ航空機の低周波騒音と認識できていないかもしれないがクソシナ民程度の蜂起すらしない
自己中心的なクソジャップに連帯責任を科す意味でのソフトターゲットを狙うなら悪者に仕立て上け゛られないよう明確な声明を出そう!
(rｅf.) ttps:／／www.call4.jp／info.php?type=itеms&id=I0000062
ΤTps://haneda-projeｃт.jimdofree.com/　,　Ｔtрs://flight-rouΤe.com/
ttps://n-souonhigaisosУoudan.amebaownd.com/